¡Hola Comunidad!

Para aprender IRIS rápidamente y de forma totalmente autónoma, te ofrezco algunos enlaces que te ayudarán en este precioso paseo en bicicleta lleno de cosas por descubrir:

FHIR ha revolucionado la industria de la atención médica al proporcionar un modelo de datos estandarizado para crear aplicaciones y promocionar el intercambio de datos entre diferentes sistemas. El estándar FHIR se basa en enfoques modernos impulsados por APIs, lo que lo hace más accesible para los desarrolladores web y móviles. Sin embargo, interactuar con las API de FHIR aún puede ser un desafío, especialmente cuando se trata de consultar datos usando lenguaje natural.

1. Interoperability-embedded-python

Esta prueba de concepto pretende mostrar cómo el framework de interoperabilidad de IRIS puede utilizarse con Python Embebido.

1.1. Índice

• 1. Interoperability-embedded-python
  • 1.1. Índice
  • 1.2. Ejemplo
  • 1.3. Registrar un componente
• 2. Demo
• 3. Requisitos previos
• 4. Instalación con Docker
• 5. Instalación sin Docker
• 6. Cómo ejecutar la muestra
• 7. Qué hay dentro del repositorio
  • 7.1. Dockerfile
  • 7.2. .vscode/settings.json
  • 7.3. .vscode/launch.json
  • 7.4. .vscode/extensions.json
  • 7.5. src folder
• 8. Cómo añadir un nuevo componente
  • 8.1. InboundAdapter
  • 8.2. OutboundAdapter
  • 8.3. BusinessService
  • 8.4. BusinessProcess
  • 8.5. BusinessOperation
  • 8.6. Registrar un componente
  • 8.7. Uso directo de Grongier.PEX
• 9. Trabajo futuro
• 10. Créditos

¡Hola Comunidad!

Me alegra anunciar la nueva versión de iris-pex-embedded-python (v2.3.1) con una nueva interfaz de línea de comandos.

Esta línea de comandos se llama iop por Interoperability On Python.

Primero me gustaría presentar los principales cambios del proyecto desde la versión 1.

Breve historia del proyecto

La versión 1.0 fue una prueba de concepto para mostrar cómo el framework de interoperabilidad de IRIS se puede utilizar con un enfoque python first mientras sigue siendo compatible con cualquier código existente de ObjectScript.

¿Qué significa eso? Significa que cualquier desarrollador Python puede usar el framework de interoperabilidad de IRIS sin ningún conocimiento de ObjectScript.

Ejemplo:

from grongier.pex import BusinessOperation

class MyBusinessOperation(BusinessOperation):

    def on_message(self, request):
        self.log.info("Received request")

Genial, ¿cierto?

Os presento mi nuevo proyecto: irissqlcli, REPL (Read-Eval-Print Loop) para InterSystems IRIS SQL.

• Resaltado de sintaxis
• Sugerencias (tablas, funciones)
• +20 formatos de salida
• Soporte a stdin
• Salida a ficheros

Instalación con pip

pip install irissqlcli

O se puede ejecutar con docker

docker run -it caretdev/irissqlcli irissqlcli iris://_SYSTEM:SYS@host.docker.internal:1972/USER

Apache Superset es una moderna plataforma para la visualización y exploración de datos. Superset puede reemplazar o aumentar las herramientas patentadas de business intelligence para muchos equipos. Y se puede integrar con una gran variedad de fuentes de datos.

¡Y ahora es posible utilizarla con InterSystems IRIS!

Hay disponible una demo online que usa IRIS Cloud SQL como fuente de datos.

Los parámetros nombrados se pueden conseguir con SQLAlchemy :

from sqlalchemy import create_engine, text,types,engine

_engine = create_engine('iris+emb:///')

with _engine.connect() as conn:
    rs = conn.execute(text("select :some_private_name"), {"some_private_name": 1})
    print(rs.all())

o con api nativa

from sqlalchemy import create_engine, text,types,engine

# set URL for SQLAlchemy
url = engine.url.URL.create('iris', username='SuperUser', password='SYS', host='localhost', port=33782, database='FHIRSERVER')

_engine = create_engine(url)

with _engine.connect() as conn:
    rs = conn.execute(text("select :some_private_name"), {"some_private_name": 1})
    print(rs.all())

El SDK nativo para Python de InterSystems es una interfaz ligera para las APIs de InterSystems IRIS, que anteriormente solo estaba disponible mediante ObjectScript.

Estoy especialmente interesado en la capacidad de llamar a los métodos de ObjectScript, a los métodos de clase, para ser más preciso. Esto funciona, y funciona muy bien, pero de manera predeterminada, las llamadas únicamente admiten argumentos escalares: strings, booleanos, enteros y flotantes.

Pero si lo que quieres es:
- Pasar o devolver estructuras, como diccionarios (dicts) o listas
- Pasar o devolver streams

Necesitarás escribir algún código adhesivo (glue code) o aprovechar este proyecto (se instala mediante pip install edpy). El paquete edpy te da una estructura sencilla:

call(iris, class_name, method_name, args)

que te permite llamar a cualquier método de ObjectScript y obtener los resultados.

Por qué he decidido escribir esto

En mi ultimo artículo he hablado de la devolución de valores con Python. Pero la devolución es muy simple, lo que la puede hacer difícil es de lo que voy a hablar hoy: dónde es tratado el valor.

Objeto Python en IRIS

Siguiendo el ejemplo del último artículo, tenemos el método:

Python Embedded es una gran herramienta considerando la simpleza y gran cantidad de librerías disponibles, así como una gran comunidad de desarrolladores con toneladas de ejemplos y documentación.

En el siguiente ejemplo les presento una solución para un problema común utilizando Python y ObjectScript.

Un caso de uso muy común es recuperar data desde planillas excel y poblar un objeto persistente en nuestro modelo en IRIS.

para esto utilizaremos pandas, una popular librería Python que nos permite trabajar con DataFrames

Continúo la descripción del trabajo usando el módulo openhl de Python en producción.

Como la versión de IRIS con Python Embebido, aún no ha sido liberada, ya es necesario usarlo en producción ahora. Decidimos hacer una copia de seguridad del servicio para exportar consultas a un archivo xlsx en un servidor aparte, y guardar el resultado de la consulta en un global en una base de datos separada.

Schematron es un lenguaje de validación basado en reglas para hacer aserciones/afirmaciones sobre la presencia o ausencia de ciertos patrones en documentos XML. Un Schematron se refiere a una colección de una o más reglas que contienen pruebas. Los Schematron están escritos en una forma de XML, lo que los hace relativamente fáciles de inspeccionar, comprender y escribir para todos, incluso los que no son programadores.

ipython-iris-magic

%%iris magic para IPython, puede ejecutar comandos ObjectScript en NoteBooks.

Puede ejecutarse en cualquier Notebook (por ej. Jupyter) y no requiere ninguna configuración especial ni en IRIS ni en el propio Notebook.

Demo

Native Api

Si usáis Python, podéis utilizar el módulo venv para crear un entorno virtual. Este módulo es la manera recomendada de crear y gestionar entornos virtuales.

Un entorno virtual es una herramienta que ayuda a mantener separadas las dependencias requeridas por diferentes proyectos, mediante la creación de entornos virtuales aislados de Python para ellos. Resuelve el dilema “El proyecto X depende de la versión 1.x pero el proyecto Y necesita la 4.x”, y mantiene limpio y manejable el directorio site-packages global.

Así que si trabajáis mucho con Python, como yo, podéis usar el módulo venv para crear un entorno virtual para vuestro proyecto. Esto os permitirá instalar paquetes sin que afecte a la instalación de Python global.

Aquí encontraréis dos alias simples para crear y activar un entorno virtual.

Alias de Python

alias venv="python3 -m venv .venv; source .venv/bin/activate"
alias irisvenv="python3 -m venv .venv; source .venv/bin/activate; pip install https://github.com/grongierisc/iris-embedded-python-wrapper/releases/download/v0.0.1/iris-0.0.1-py3-none-any.whl"