Acabo de conseguir encontrar las referencias a las clases. Al abrir el XML, buscando "<Sub>CLS</Sub>" los siguientes 4 nodos son las 4 clases que no quiero que importe:  

Eliminando estos 4 nodos, ya puedo importar el archivo deploy en otro servidor.

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Aunque ahora tengo otro problema: un BusinessProcess con código funciona bien, pero un BusinessProcess con BPL, no funciona. Creo que es porque el BPL genera un XData, así que tendré que cambiar el BPL por un proceso con código. Pero por lo menos ahora puedo añadir al archivo Deploy los BusinessProcess :)

Sí, lo estoy intentando, pero no es sencillo, porque el archivo tiene un montón de nodos, y no sé cuáles son referentes a esas clases.

Sí, lo he probado, y me sigue exportando las clases del core.